Na mednarodni ravni je Šeško 1. junija 2021 debitiral v slovenski reprezentanci proti Severni Makedoniji in postal najmlajši igralec, ki je zastopal svojo državo, star 18 let in 1 dan. Do novembra 2025 je za reprezentanco odigral 45 tekem, dosegel 16 golov in prispeval nekaj podaj, s čimer je postal četrti najboljši strelec v zgodovini slovenske reprezentance v starosti 22 let ter ključna osebnost v njihovih kvalifikacijskih kampanjah za velika tekmovanja. Med njegovimi dosežki sta dva naslova avstrijske Bundeslige z »Salzburkom«, nagrada »Nogometaš leta v Sloveniji« za leto 2022 in trenutna tržna vrednost 70 milijonov evrov.
Mednarodna kariera mladih
Šeško je svojo mednarodno kariero začel v slovenski mladinski reprezentanci leta 2018, ko je debitiral v reprezentanci do 15 let. Kasneje istega leta je hitro napredoval v reprezentanco do 16 let in sodeloval v tekmah sezone 2018–19. Leta 2019 se je Šeško pridružil reprezentanci do 17 let v sezoni 2019–2020, kjer je pokazal svoje strelske sposobnosti in vodstvene lastnosti. Bil je kapetan ekipe med kvalifikacijami za evropsko prvenstvo UEFA do 17 let 2021, kjer je v 6 tekmah dosegel 7 golov, kar je Sloveniji pomagalo napredovati. V času igranja za reprezentanco do 17 let je odigral 15 tekem.
Šeško je v sezoni 2021–22 nadaljeval svoj razvoj v kategoriji do 19 let, kjer je v 8 tekmah dosegel 5 golov. Njegov prispevek je igral pomembno vlogo pri uvrstitvi Slovenije na UEFA Evropsko prvenstvo za mlade do 19 let 2022. Septembra 2020 je odigral tudi eno tekmo za reprezentanco do 19 let.
Čeprav je Šeško za reprezentanco do 21 let debitiral leta 2022, je na tej ravni odigral le omejeno število tekem – 4 gole v 10 tekmah do leta 2023 –, hkrati pa je imel ključno vlogo v kvalifikacijskih tekmah za evropsko prvenstvo UEFA za mlade do 21 let leta 2023. Zanimivo je, da se je izognil polnopravnemu sodelovanju v reprezentanci U21 in leta 2021 v starosti 18 let neposredno prestopil v člansko reprezentanco, s čimer je postal najmlajši debitant v zgodovini Slovenije.
Na vseh mladinskih ravneh je Benjamin Šeško znaki.fm/sl/persons/benjamin-sesko/
odigral 35 tekem in dosegel 21 golov, pogosto je bil kapetan ter pokazal svoje strelske sposobnosti in vodstvene lastnosti. Njegovi dosežki v mladinski reprezentanci, na katere so vplivale odlične predstave v klubu, so mu utrli pot do hitre vključitve v člansko ligo.
Mednarodna kariera v članski reprezentanci
Šeško je 1. junija 2021 v starosti 17 let in 11 mesecev prvič nastopil za slovensko reprezentanco, ko je vstopil kot zamenjava v prijateljski tekmi proti Severni Makedoniji, ki se je končala z neodločenim izidom 1:1. Prvič je bil v začetni postavi in 11. oktobra 2021 zadel gol v zmagoviti tekmi kvalifikacij za svetovno prvenstvo v nogometu proti Malti z rezultatom 2:0 ter postal najmlajši strelec slovenske reprezentance v starosti 18 let in 4 mesecev.
Do novembra 2025 je Šeško za slovensko reprezentanco odigral 45 tekem in dosegel 16 golov. Med ključnimi dosežki je hat-trick v zmagoviti tekmi Lige narodov UEFA proti Kazahstanu z rezultatom 3:0 9. septembra 2024, kar je bil njegov prvi nastop za reprezentanco. Imel je ključno vlogo pri uvrstitvi Slovenije na Euro 2024, njihovo prvo udeležbo na velikem turnirju od leta 2010, saj je v devetih kvalifikacijskih tekmah dosegel pet golov. Na turnirju je Šeško nastopil na vseh štirih tekmah slovenske reprezentance, vključno s tremi v skupinskem delu in porazom v osmini finala proti Portugalski po enajstmetrovkah, čeprav ni dosegel gola.
Kot glavni napadalec slovenske reprezentance je Šeško igral osrednjo vlogo v napadalni igri ekipe pod vodstvom trenerja Matjaža Keka. Med kvalifikacijami za svetovno prvenstvo v nogometu 2026 je Šeško odigral štiri tekme za slovensko reprezentanco in prispeval eno podajo za gol v remiju 2:2 s Švedsko 5. septembra 2025. Slovenija se na koncu ni uspela uvrstiti na turnir, saj je v več tekmah igrala neodločeno, a v ključnih tekmah doživela poraze, vključno s porazom proti Kosovu z 0:2 15. novembra 2025. Šeško je zaradi poškodbe kolena, ki jo je utrpel na klubski ravni, izpustil zadnji dve kvalifikacijski tekmi v novembru. Njegovo nedavno mednarodno formo so podprle močne predstave pri »Manchester United«, kjer je njegova spretnost pri streljanju golov utrdila njegovo izbiro v reprezentanco. V Ligi narodov UEFA 2024/25 je Šeško v šestih tekmah dosegel pet golov in se uvrstil na vrh lestvice strelcev Slovenije.